怀孕45天药流是能干净的，药流的最佳时间就是怀孕在35~49天之内，因为这个时候的受精卵刚开始着床生长，药流以后通过增加子宫收缩很容易排出孕囊等组织。药流避免了做人工流产的痛苦，但是会有10%的流产失败率，所以为了确保安全，在药流后要注意观察，看妊娠组织是否排出干净，如果不全流产没有及时处理可能会造成大出血。
药流后的注意事项
1、药流后要注意观察出血情况，正常情况是出血量跟平时月经一样，出血时间是7~10天，如果出血量过多，或者出血时间超过两周，要及时就诊，这可能是流产不全的症状，要及时进行清宫处理。否则长期慢性失血可能会引起贫血，使身体抵抗力下降。这时，细菌往往由阴道逆行，而引起子宫内膜炎症或者其他妇科炎症。
2、注意休息，防止劳累过度。注意会阴清洁，经常换卫生巾和内裤，半个月内禁止盆浴，禁止用冷水洗头发、流衣服。流产后1个月内严禁过性生活，以防感染。
3、注意补充营养，流产后身体会比较虚弱，多吃富含维生素类、蛋白质、钙质的食品，如新鲜蔬菜和水果、瘦肉、鸡蛋、牛奶、海产品、豆制品等。忌吃辛辣、寒凉、油腻的食物，忌烟忌酒。