电子肛门镜检查没有多大痛苦。肛门镜是一种圆形管状结构的设备，带有光源，可以直接看到肛门及直肠下段的黏膜，直视下诊断肛门病变的性质。对肛门疾病诊断准确率很高。肛门镜的主体管道直径约2CM，置入肛门时，还会使用润滑油，所以没有什么痛苦。肛门镜检查时，针对一些有适应症的病灶，还可以在肛门镜下切除，比如直肠息肉，这种手术方便快捷，效果也好。
电子肛门镜怎么检查
1、检查时首先患者采用截石位，用药物消毒肛周皮肤以及直肠，常规需要消毒两到三遍，再准备好电子肛门镜，肛门处涂抹药物润滑，插入肛门扩张器，再置入电子肛门镜，一边推镜，一边观察局部的病变。
2、肛门镜相对比肛门口粗，插入时会引起病人的涨破不适，另外在检查时会注入少量的空气，扩张肠管，便于观察局部的病变，会导致病人出现排便感、异物感、憋胀感。
电子肛门镜注意事项
1、电子肛门镜检查，是肛肠科最常用的检查方法之一，对直肠下段以及肛门的病变诊断很有意义。电子肛门镜检查前最好流质饮食，常规清洁灌肠，必要时口服泻药清洁肠道。
2、一般采取侧卧位或者是肛门截石位，放松心情。根据循腔进镜的原则，动作要轻柔，防止突然暴力插入引起肛门括约肌痉挛疼痛。
3、操作过中尽量配合医生，按医生要求憋气或者排气，变换体位等。做完后尽量去厕所排气排便，能够缓解胀痛不适。