慢性溃疡性结肠炎是出现于结肠粘膜的一种炎症，会引起偶发的出血性腹泻，导致该病的病因有遗传因素、免疫因素和微生物感染等，了解其病因有利于此病的防治。慢性溃疡性结肠炎的病因具体如下。
1.遗传因素。为父母患有慢性溃疡性结肠炎而遗传给子女的情况，溃疡性结肠炎的确有遗传的可能，但该病遗传概率不高，遗传所致病症的患者为一小部分的肠道黏膜免疫系统先天异常导致的慢性溃疡性结肠炎。
2.饮食不洁。进食不卫生、不健康甚至有毒的食物，如油炸、烧烤、长期饮用啤酒等，最容易影响到胃肠道的正常功能，不洁食物中的有害成分被肠道所吸收，或是食物中携带的病菌附着于肠道，引起肠道功能异常和肠道的炎症，长期受此影响便发展成为慢性溃疡性结肠炎。
3.肠道感染。肠道感染是肠道受外界侵蚀而造成病菌感染的病症，多经由粪口和呼吸道传播而感染病菌，一般表现为腹泻、腹痛、发烧等症状，一般分为细菌感染和病毒感染，其中病毒感染很难进行控制，若处理不当，肠道则易由炎症转而为溃疡，变为慢性溃疡性结肠炎。
4.气候环境。气候环境对慢性溃疡性结肠炎的发作也有着巨大影响，一般是北美、北欧地区好发此病，可能与饮食习惯、气候条件、温度湿度等有关，而亚洲的发作率相对较低，气候对其发作的影响较低一些。
5.既往手术。对于肠道上的手术史也对慢性溃疡性结肠炎的发作有影响，慢性肠道疾病一般由既往的急性或隐性炎症疾病长期发展导致的，也就是说长期的肠道疾病和手术后耐受能力减弱的肠道都容易导致慢性溃疡性结肠炎的发生。
慢性溃疡性结肠炎一般是急性肠道疾病没有很好的处理，经由一段时间的发展所致，导致慢性溃疡性结肠炎后病情通常不易控制反复发作，患者需要进行日常对饮食上的调控才能尽可能避免炎性病症的发生，从而降低发展成为慢性溃疡性结肠炎的可能性。