森田疗法可分门诊治疗和住院治疗两种形式。
1.门诊治疗每周一次，接受生活指导和日记指导，疗程约2－6个月。
门诊治疗的基本要点是：
①详细体验以排除躯体疾病的可能，并解除病人疑虑；
②要求病人接受自身症状，顺其自然，绝不企图排斥：
③要患者带着症状去从事日常活动，以便把痛苦的注意转向无意识，使痛苦体验在意识中消失或减弱；
④告诉患者切勿把症状挂在心上；
⑤治疗者按时批阅患者的日记，患者要保证下次再写再交。同时要家属不要对患者谈病，也不要按病人来对待。
2.住院治疗经典的森田疗法是住院治疗，也是对于严重的神经症患者的最佳方法。
其程序大致分为四个时期。
第一期为绝对卧床期。开始第一周绝对卧床，禁止会客、交谈、看书报和看电视等一切活动，只能独自静卧，因无事可做，患者会感到十分苦恼，使其能体验“生的欲望”。此期的主要目的是从根本上解除患者精神上的烦恼和痛苦。使之静卧不仅可调整庙心疲劳，还可通过对精神状羞的观察进行鉴别诊断。让患者任其自然地安静修养，通过情感的变化规律使烦恼和痛苦自然消失。（1）烦闷解除卧床第二天，多数患者烦恼消失，也不再为此症状担心，便自然出现一些联想，如病的问题、个人问题、家庭问题等，在此治疗前就要告诉患者：如果出现联想或烦闷，不要企图去消除或忘掉它，要任其发展，又必须静静地卧床忍受。这些联想或烦闷，有时可使患者烦躁不安，但当苦恼达到极点时，则有可能在短暂时间内迅速消失，这是由于情感自然变化的结果。多数患者在2-3个小时内出现上述结果。然而也有的苦恼时有时无，甚至持续到第四、五天，其中有的是因为没有绝对静卧而延长了这一治疗过程。第三天，患者回忆前一天突然摆脱了苦恼，精神上受到鼓舞，这时向患者说明，所提供的环境及条件的重要性，否则想摆脱苦恼也是不可能的。（2）无聊期第四天，患者因摆脱了痛苦，开始感到无聊，出现想参加积极性活动的愿想从而形成期望的痛苦。在患者深刻体会没有活动的苦恼之后第二天起，让他起床活动进近第二个治疗期。第一期一般为四天至一周。（3）失眠症静卧期尤其对患者的失眠和焦虑效果明显。对这样的患者嘱咐他：如果想睡觉，不必选择时间，随时可任意地睡。如果睡不着，连续一周不睡也没什么，千万不要勉强睡。这样可很快使之消除对失眠的担忧，经过3-7天，大体可解除对失眠的苦恼。
第二期为轻微工作期。该疗期主要是相对隔离治疗，禁止谈话、交际和游戏等活动。卧床时间每天必须保持7～8小时，但白天要求到户外活动，接触好的空气和阳光，晚上写日记以进一步确定患者精神状态、对治疗的体验。有时也做一些简单劳动，目的是回复患者精神上的自发性活动。该治疗期为1～2周。（1）自发性活动使患者安静地忍受各种病态体验，又身心感到无聊，以促使其自发性的活动，主动去做那些看来毫无价值的事，并能无论干什么都尽理迅速地着手工作和坚持下去。（2）超越自我意识注意避免患者对治疗效果的顾虑。自第二天起，除静卧7-8小时外，要连续不断地干些轻活，根据场合、季节或时间等干各种事情。经过这一期患者会渴望做更重的劳动，以此为标准，即进入第三期。
第三期为普通工作期。住院生活逐渐充实，并积极做恢复正常社会生活的准备。但仍需要求病人不与别人谈论症状，只要其专注于当前的生活和工作(可作些重体力劳动)，组织一些文体活动，与他人交往，通过这样的实践与体会，让病人自然而然地不再与其焦虑症状作强迫性的斗争，以便让症状自然消失。该治疗期为1～2周。（1）排除价值观此期须注意要排除患者对工作或劳动的预先考虑的价值观，培养他们不论职位高低以及劳动的种类等，凡是人可干的事，自己也能做到的信心，激发对工作的兴趣，体会对成绩的愉快感。（2）体验“并非不可能”通过劳动或工作以及体验成绩的快感，使患者树立起“人生中没有不能做到的事”这样的信心和勇气，这是在忍受一切痛苦，排除所有困难，在期待心身自发活动的过程中获得的主观体验。此期患者会感到工作太多太忙，以这种忙碌为标志转入第四期。
第四期为生活训练期。即患者开始打破人格上的执着，摆脱一切束缚，对外界变化进行顺应、适应方面的训练，为恢复其实际生活作准备。该治疗期为1～2周。。（1）读书与外出读书不要娱乐性或思想性的读物，可利用一切点滴时间，不选择地点不计较数量地随便读，以改变患者希望最有效地读书这种价值观和完美欲。外出只有必要时才允许，使之体验突然接触社会的新鲜感。（2）发扬朴素的情感在治疗中注意指导患者去体验和发扬朴素的情感，以克服理想主义的情感。病人从第二期起写治疗日记，主要包括每天的活动、对治疗的认识等。日记由主管医生批阅，指出不良的思想方式及情绪，指导进一步的治疗活动等。森田疗法除上述住院式以外，还有门诊式疗法，每周门诊一次，用森田疗法的原理进行面谈和指导日记。另外，还有通信治疗、集体治疗以及生活会形式的心理健康互助会等。
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