建设单位与施工单位的合同中约定：“合同在履行过程中发生的争议，由双方当事人协商解决，协商不成的，可以向有关仲裁委员会申请仲裁”。后双方发生纠纷，建设单位要求向甲仲裁委员会申请仲裁，施工单位要求向乙仲裁

参考答案:

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《最高人民法院关于适用〈中国人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第五条规定，仲裁协议约定两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁；当事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。仲裁协议无效，则双方只能向有管辖权的人民法院起诉。