女性发现宫内早孕以后最好先确定自己的停经时间，如果停经不超过五十天，而且确认是宫内怀孕则可以通过服药的方式来打掉，它在临床上叫药物流产。女性在选择用药物打掉早期宫内早孕的胚胎组织时需要口服米非司酮片。
女性选择用药物结束宫内早孕以前必须做全面的妇科检查，然后口服米非司酮二百毫克，服用时分三次在三天内服用完。用药的最后一天要去医院加服前列腺激素药剂，也可以直接口服六十微克的米索前列醇，多数女性在最后用药六小时以内能排出体内的胎囊。
女性用药物结束宫内早孕以后要注意个人卫生，如果出血量过多或者胎囊不能及时排出，还要咨询医生进行专业处理，但这种方式对女性伤害较小，而且在打掉胚胎以后女性身体能很快恢复排卵。如果女性发现宫内早孕的时间比较晚超过了四十九天，但不满三个月则可以通过清宫术来打掉体内胚胎。
清宫术打掉女性宫内早孕胚胎也就是人们常说的人工流产。它是专业医生把女性宫颈扩张以后用专用工具刮除女性子宫中胚胎组织的一种妇科手术，它可以分为局部麻醉的全身麻醉两种，局部麻醉在打掉胚胎时会有明显的疼痛感觉，而且手术后疼痛感也会持续一段时间。
清宫术打掉女性宫内早孕胚胎选择全身麻醉，患者痛苦特别小，整个个手术过程都不会有明显的感觉，手术结束以后疼痛的感觉也不明显，是现在临床上女性打掉宫内早孕的主要方式。但女性在选择清宫术打掉宫内早孕胚胎时，也要对身体做详细的检查，在确认孕周和身体状况以后才能进行手术。而且在手术以后要注意个人卫生，平时多休息，三十天内不能有夫妻生活。