公元1629年十二月初，多次取得对清战争胜利的袁崇焕，被崇祯帝逮捕下狱，随后以“谋叛欺君，结奸蠹国。斩帅以践虏约，市米以资盗粮。既用束酋，阳导入犯，复散援师，明拟长驱，及戎马在效，顿兵观望，暗藏夷使，坚请入城，意欲何为？致庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿，重辟何辞！”的罪名，对袁崇焕除以“磔刑”。
什么是“磔刑”？其实就是今日我们所说的凌迟处死，袁崇焕最终被自己效忠的君主，亲自下令处死，被生生的活刮了三千多刀。最惨的还不止于此，最惨的是他还被自己守护的同胞百姓食其肉。
《明季北略》卷五记：“是时百姓怨恨，争其肉，皮骨已尽，心肺之间叫声不绝，半日而止，所谓活剐者也……百姓将银一钱，买肉一块，如手指大，［口敢］之。食时必骂一声，须臾崇焕肉悉卖尽……刽子语无锡周无瑕曰：‘吾服事诸老爷多矣，未见如袁爷胆之大者’。”“炮声响后，人皆跻足引领，顿高尺许，拥挤之极……归途所见，买生肉为疮疥药料者，遍长安市。二十年前之文章气节，功名显宦，竟与参术甘皮同奏肤功，亦大奇也。”
《国榷》卷九十一：“刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊。”
百姓们之所以会对一直保护自己，与外敌作斗争的袁崇焕，抱有食其肉的痛恨，全在于他们太过相信自己的统治者。当崇祯帝给袁崇焕冠上通敌卖国的罪名之后，袁崇焕便成了百姓心中最大的敌人。不过后来许多史料都证明，袁崇焕根本就没有通敌卖国，他是被冤枉死的。
崇祯帝之所以会将袁崇焕杀死，是因为他以为袁崇焕投递叛国了。而之所以得到这样的一个结果，全在于皇太极所设反间计。
《太宗实录》：“我大清设间，谓崇焕密有成约，令所获宦官知之，阴纵使去。其人奔告于帝，帝信之不疑。十二月朔再召对，遂缚下诏狱”
相传皇太极设下离间之计，捕捉了两名明朝太监，让他们听见满清将军所言，袁崇焕与清朝有密约的话语，随后再将一位太监放回去。等到崇祯帝信了太监的话，将袁崇焕除去的时候，一下子便算是除去了满清一个心腹大患了。
《明季北略》则记载：“都中又喧言崇焕导虏入犯，上甚切齿。先是，虏出猎，掳我多人。中有二珰，上命侦崇焕者，亦被掳。虏视之，知为珰也，乃设一记，佯为袁遗书约犯边，答云：”知道了，多谢袁爷。“又佯惊云：”乃为珰闻，缚珰亟斩之！“又故遗一奴私放珰归。珰归，上其事。上再召崇焕入，即下诏狱。此言周延儒亲语余者，延儒久与虏比，虏每输情，故知其言不诬。”
而崇祯帝轻信他人之言，就这样不顾袁崇焕以往的功劳，将袁崇焕杀死。袁崇焕之所以被崇祯皇帝杀死，对外是因为清朝的离间计，对内在于崇祯皇帝和他自己。
崇祯皇帝是一位无能的皇帝，但偏偏他还想做出一番作为，所以经常好心办坏事。加之他个人性格中存在着许多缺陷，比如说猜忌之心极重，因此才会轻信小人之言，对袁从焕痛下杀手。
就袁崇焕个人而言，太过倔强，因此留下了许多被人诬陷的把柄。比如说袁崇焕杀毛文龙，也是他死因的一个诱因。
袁崇焕此人存在着很大的争议，关于他是好人还是卖国贼说法不一。因为为其平反的人中，有清朝统治者的身影。因此许多人说，清朝为了抹黑明朝，而故意抬高袁崇焕。实际上袁崇焕并没有那么的忠诚，这种说法实在太过武断。
小编个人坚信能在狱中写下手信，劝祖大寿归来的将领，能写出“一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。”如此遗言的将领，绝不是通敌卖国的小人。