晚明三大疑案也可称明末三大案，指的分别是明朝时期的梃击案、红丸案、移宫案。
梃击案是明朝万历四十三年五月初四，宫外男子张差手持木棍一路打到太子朱常洛居住的慈庆宫一事。那时，万历皇帝对于立储一事意志不坚定，万历帝宠爱郑贵妃，原打算将郑贵妃之子朱常洵密定为太子，谁知朝臣反对，认为自古以来储君都应该立嫡立长，所以许多人都站出来支持身为皇长子的朱常洛。万历帝顶着巨大的压力狠抗了几年，最后还是妥协了，把朱常洛封为太子，把朱常洵封为福王。
万历帝确立太子一事争论了15年之久，史称“国本之争”。郑贵妃好不容易能扶持自己儿子当上储君，终究功亏一篑，说她心里没有怨恨是不可能的。郑贵妃不死心，于是便有了张差袭击太子宫一事。
经刑部十三司会审，张差的身份查出来了，他是京畿一带白莲教的一支红封教的成员，他是奉马三道、李守才的命令打入太子宫的。此外还查出了马三道、李守才与郑贵妃宫内的太监庞保、刘成互相勾结的证据，箭头直指郑贵妃。万历帝知道此事以后，万般包庇郑贵妃，最后只是处罚了除了郑贵妃以外的一干人等，张差被磔死，马三道、李守才被发配去戍守，太监庞保、刘成被直接击毙。
虽然有一批人因梃击案而死，但是这件事的内情至今尚未有定论，所以依然是疑案一件。
红丸案是明朝万历四十八年七月继位的明光宗朱常洛服用红丸而毙命的事。明光宗继位时毫无患病征兆，谁知继位十天以后他就突然身患重病了。原郑贵妃宫中的内医崔文升用去热通利之药，导致光宗腹泻不止，身体更加虚弱。随后便有鸿胪寺丞李可灼于泰昌元年八月二十九日献上一红色药丸，光宗服用以后，病情稍有缓解，直呼：“忠臣！忠臣！”下午又服用了一颗。谁知道，病情已有起色的光宗会在3天以后暴毙呢！明光宗在位的时间仅仅只有29天，因此史称其为“一月皇帝”。
对于红丸案，东林党攻击郑家，称郑家蓄意谋害皇帝所为，刚即位的明熹宗只好将崔文升发配南京，李可灼充军，草草了结了此案。但是，红丸案的内情至今依然扑朔迷离。
移宫案是明朝明光宗驾崩以后，他的妃子李康妃不肯搬离乾清宫一事，其中还包括李康妃扣押皇帝明熹宗以及总揽朝政的事。李康妃与万历帝妃子郑贵妃交好，郑贵妃怂恿她让明熹宗封她为皇太后，但是明熹宗的生母却是李康妃所害死的，明熹宗也被她挟持在乾清宫中。后来还是臣子们合力分开了二人，还逼着李康妃搬离了乾清宫。
这件事虽然没有造成什么严重的后果，却给大家心里留下了李康妃想要挟持皇帝，把控朝政的阴影，移宫案结束不久，李康妃的新居所哕鸾宫就失火了，李康妃差点被烧死，于是舆论纷纷谴责明熹宗虐待养母，明熹宗只好给了她康妃的尊号。
以上这三件事单个来看也不是那么重要，但是它们都透露着一个信息，那就是明朝的衰亡之日即将来临了。