公元前621年，士会因为护送公子雍回国继位失责，导致公子雍被乱箭射死，无奈只能跟着秦国的军队到了秦国。秦国的国君很看重士会的才能，渐渐的就将士会视作了自己的心腹。
和士会一起回秦国了的是先蔑，两个人都是晋国人，还同为同事，按理说两人身在异国他乡的时候，应该互相照应才对。但是，士会一次也没有去拜访过先蔑，并且十分看不起先蔑。尽管在秦国做事，士会却始终有一颗想回到故国的心，觉得自己这样来到秦国是可耻的。同时，士会厌恶先蔑这样的人，先蔑身为六卿之一，却不劝阻赵盾到秦国来求君这件事，反而只知道听命行事。他的官职不够，当上面下达了命令的时候，他只能去执行。可是秦国送回了公子雍，他们俩却让公子雍死掉了，回到晋国就是死，士会为了活，只好投奔了秦国。
公元前615年，士会作为秦军军师，跟随秦康公出战攻晋。晋军驻扎在河曲，迟迟不肯和秦军开战。士会看出了这是赵盾心腹臾骈之计，于是也向秦康公献上一计，那就是引诱赵穿出战。赵穿被秦军挑衅，果然带兵来追，秦军就将赵穿引诱出来了。赵盾害怕赵穿孤军深入中了埋伏，赶紧带兵去追，于是就和早已准备好的秦军来了一场大战。这一战后，双方平手。到了晚上，士会见晋军在黄河岸边布置下了士兵看守，知道晋军想在这里埋伏秦军，于是他献计给秦康公，让秦康公写了一封信给赵盾，就说相约明日早上再开始对战，目的就是稳住晋军，让晋军相信秦军不会逃跑，会一直待到明天早上去。
晋军受到蒙骗，臾骈本是不信的，但是赵穿和他作对，就怂恿赵盾不要去设埋伏了，秦军一定不会逃跑的。可是当晚，秦军的确逃跑了。士会接连两个计策，让晋军无可奈何，说明了他的能力到底有多大。士会在这次大战后，更加受到秦康公的重用，秦康公对士会的待遇提的很高。秦国得到了士会，就得到了一大助力，始终不让晋国讨得便宜。
公元前614年，赵盾终于坐不住了，他召开了一次大会，派了魏寿余到秦国去将士会劝说回国。士会见到了前来投奔秦康公的魏寿余，秦康公很怀疑魏寿余投奔之意的真假，就来问士会的意见。士会回答说：“晋国人都很狡猾的，若是要我们相信你的话，那还需要有一些证据才可以。”魏寿余于是将自己的封邑的土地的地契和印鉴拿出来，只要有了这些，秦康公就可以得到自己的封邑。魏寿余是故意的，他以自己的封邑为诱饵，让秦康公相信自己就是真的来投奔他来了的。可秦康公没有想到，魏寿余这是来他面前表演诈降计来了，魏寿余用苦肉计加诈降计骗过了秦康公，就是想要一个和士会相处的机会。魏寿余的来意士会早就看出来了，他之所以在秦康公面前帮助他，就说明了他对晋国还有感情。在魏寿余的劝说下，士会最终决定回国。魏寿余就对秦康公说，自己的封邑是有官员看守的，要想让他们打开城门，就需要自己去，最好是秦康公再派一名靠得住的人和他一起去，这样就可以立刻收下这块土地。秦康公相信了魏寿余的话，就派了士会去。临行前，士会担心自己在秦国的妻儿，他就说：“若是我成功回来了，我不奢望得到更多的赏赐，但若是我被扣押了，请您不要为难我的妻儿。有罪的人是我！”秦康公答应了士会，说若是他被扣押了，他会将士会的妻儿放走的。士会这一去再也没有回来，但是秦康公还是将他的妻儿送到了晋国。为了感谢秦康公，在士会回国以后，秦国和晋国长达二十多年没有再发生战争。
士会的功绩有很多，可最大的功绩就是让晋国和秦国和平了二十多年，别小看这二十多年，晋国没了秦国这个大敌，就能专心和楚国争霸了。晋文公也只用了九年时间，晋国就成为了春秋的霸主呢。所以士会是晋国的大功臣，对于政治，士会的敏锐性很好。所以他才当上了执政大夫两三年，他就可以让给郤克，让郤克放手去对付齐国，免得引起晋国内乱。