中医认为，扁平疣是上焦肺胃蕴热，或血虚肝旺及肝郁血瘀所致。在治疗上针对病因，进行辨证施治，选择适宜的中成药，往往可取得佳效。
肺胃蕴热：以鼻尖及鼻翼两侧多见，疣赘为扁平丘疹样，疣体较大，周围皮肤红润，有时面部伴有粉刺。此型扁平疣多发生在青春期。治疗上应选普济消毒丸，该药有疏风散邪、清热解毒，凉血祛瘀的功效，亦可选清热泻火、凉血解毒的栀子金花丸。
血虚肝旺：疣赘多发生于面部及颈部。有时伴有头晕、失眠、心悸、目眩、舌红少苔等症状。治疗上选用清肝胆、利湿热的龙胆泻肝丸，同时加服有活血祛瘀、行气止痛功效的血府逐瘀胶囊。两药配伍合用，既清肝胆湿热解毒，又可行气活血。
肝郁血瘀：疣体较小，疣面较硬或色暗，面部有色素沉着。伴见胸胁胀满，不思饮食，舌暗有瘀点、苔灰白。可选择有疏肝解郁、活血化瘀功效的丹栀逍遥丸。
气虚型：皮疹扁平或隆起，呈肤色或淡褐色，病程久。伴见乏力，气短，食少，便秘或便溏，舌质淡或暗、少苔等。可选参苓白术散以补脾胃、益肺气，同时合用有活血解毒、消肿止痛功效的活血消炎丸。两药联用，标本兼治。