传统方剂的配伍停留在饮片层次，成分复杂，质量难以控制，疗效机理难以说明。此种配伍方法能够按照中医理论辨证用药，并向质量可控、安全有效、机理清楚的基本要求发展。中药有效成(组)分配伍的方法主要有：
1.中药复方有效组分配伍
将复方看作一个整体，采用提取分离方法，将其分离成为各个成分，然后将这些成分进行配伍使用，考察不同配伍组分的治疗效应及安全性。有学者从补阳还五汤中分离提取了7类有效组分(总生物碱、总多糖、总苷元、总苷、蛋白质、氨基酸和挥发油)，然后利用正交设计进行不同组分配伍使用，研究各组分对小鼠脑缺血的影响及各有效组分间的相互作用，从而得出补阳还五汤中具有抗脑缺血作用的有效组分及最佳配伍比例，形成了优于原复方的有效成分组方。
2.中药复方有效成分配伍
把中药复方中的每味药当成一个个体，选取每味药在方中的有效成分，根据组方原则、主要功效和主治病症，采用药理学方法进行有效成分剂量的最佳配伍研究，使之成为组分清楚的现代复方。有学者研究黄芩汤，黄芩苷：白芍总苷：甘草酸=6：2：1配成悬浊液，其对溃疡的修复有明显促进作用。亦有考察三七总苷、丹參总酚酸及银杏叶提取物进行配伍干预缺血性心肌重塑，发现有效组分配伍疗效明显优于饮片层次配伍。
由此可见，药对配伍可在一定程度上说明方剂配伍关系，对于揭示方剂配伍规律及其科学内涵具有重要的意义。药物配伍既有传统的七情配伍、气味配伍、君臣佐使配伍等，亦有现代中药有效组分/成分配伍等，从不同层次上阐释中药配伍的科学内涵，有助于揭示中药配伍规律及其治疗疾病的作用机理。