最早的药酒命名，现见于先秦及汉代，如《内经》中的“鸡矢醴”及《金匮要略》中的“红蓝花酒”等，多以单味药或一方中主药的药名作为药酒名称，这方法成为后世药酒命名的重要方法。汉代以后，药酒命名的方法逐渐增多，传统命名方法，归纳有以下几种：
①单味药配制的药酒，以药名作为酒名，如羌活酒。
②二味药制成的药酒，大都二二药联名，如五倍子白矾酒。
③多味药制成药酒用一个或二个主药，作为命名，如羌独活酒，或用概要易记的方法命名，如：五蛇酒、五精酒，五枝酒、二藤酒等。
④以人名为药酒名称，如仓公酒、史国公酒、北地太守酒等，以示纪念。为了区别，有时也用人名与药名或功效联名的，如崔氏地黄酒、周公百岁酒等等。
⑤以功能主治命名，如安胎当归酒、愈风酒、红颜酒、腰痛酒等。这一命名方法，在传统命名方法中，也占相当比重。
⑥以中药方剂和名称，直接作为药酒名称，如八珍酒、十全大补酒等。
此外，还有一些从其他各种角度来命名的药酒，如白药酒、玉液酒、紫酒、戊戌酒、仙酒、青囊酒等，数量不多，不一一列举。
由于命名的方法多以主药或功效为主，再加药酒的历代专著均已亡佚，有些专题论述亦无分类，大都药酒方剂是穿插在其他方书中，所以在命名和分类上都存在一些问题。如就本书原来收集到，以虎骨酒命名者，就有33方，其中单味8方、复方25方。复方中药味数最多者达40余味，最少者仅2味，它们的组成相差很大，功效显然也有所区别。但是，都用同一个名称即虎骨酒，因此不易区别，给应用和分类带来困难。为此，我们对药酒的命名作了必要的改动。改动的原则如下。
(1)为尽量保持原貌，对有些名称不十分确切，或彼此十分相似的药酒，尤其是古方，只要不与其他药酒名称重复，则不作更改。如虎胫骨浸酒、虎胫骨酒、虎骨浸酒、浸虎骨酒，这些都是复方药酒，名称上不同于虎骨酒，彼此药物组成及名称上也稍有区别，所以就不作改动。当然，现在的虎已成珍稀保护动物，是不能再用来做药酒了。
(2)根据药酒功能主治的特点进行更改。
(3)根据组方特点归纳命名。即除了主药，另再选一药搭配命名。搭配方法：仅二味药者，就将另一味药的名称配上。
(4)个别药酒方剂增“复方”二字，以示区别。
(5)对于近代编著中，重复命名的复方药酒，则用号码加以区别，并在“资料来源”一项注名出处。
此外，对内容相同或相近的同名药酒，进行归并。因为后世医书中有不少内容是整理收录前人的，如明代的《普济方》中就有不少药酒方剂是辑自宋代《圣济总录》、《太平圣惠方》的，在组成上完全相同，对此我们作了归并。对少数处方，其制法、服用方法及功能主治的内容基本相同，或在处方组成几十味药中仅差少数几味药作用不明显者，这可能是古人抄写整理中的脱漏、衍讹，我们则删去短少药味的处方，以避免内容庞杂重复，同时对内容相同的单味药酒进行归并，尽可能使《中国药酒大全》的内容“丰富实用，简而不漏”。
中国药酒经历了几千年的发展过程，药酒的功能主治;既包括了中国古代二千年前的一些病名和病证，也包括了现代医学中的一些病名和病证，此分属二个理论体系，目前还很难统一。中国药酒是中医的一部分，因此首先要保持它传统性，但也不忽视它发展的一面。为此，我们采用目前两种理论体系均能接受的大科分类法，列保健、内、外、妇、儿、骨伤、皮肤、五官、口齿等科。
对有些目前还不太确凿的古代病名、病证，以及功能罗列一大堆，对主治不明确的药酒，则不与勉强分类，归并“其他”，有待今后进一步研究和探讨。