中医理论认为肝郁气滞、寒湿凝滞、冲任损伤等都是形成子宫内膜异位症的病因，临床一般从以下几型进行辨证施治：
(1)肝郁气滞：精神抑郁、心情沉闷、多愁善虑、情志不畅;肝主疏泄，肝气郁结，肝之功能失常，肝郁则气滞，气滞致血瘀而发痛经、癥瘕;气血不和而致月经失调、不孕等。情志因素能影响下丘脑一垂体一卵巢轴的变化而致神经内分泌改变，如果腹腔液中孕激素水平下降，不能抑制有活性的子宫内膜，使子宫内膜易种植于盆腔而发生内异症。临床主证：下腹胀痛经行痛剧、痛引腰骶、痛甚昏厥、腹痛拒按，性交疼痛，胸胁作胀、乳房胀痛，经行淋漓、经色紫黯，夹有血块，婚后不孕，舌苔薄质紫、边尖有瘀点，脉弦。
治则：理气活血、散结止痛。方药：血府逐瘀汤(《医林改错》)加减，
药用：当归、川芎、赤芍、生地黄、枳壳、柴胡、桃仁、红花、牛膝、香附等。若经行不畅加益母草、失笑散;阴部坠胀加川楝子、柴胡;经行发热加红藤、大黄;乳房胀痛加橘叶、橘核;经行淋漓加蒲黄、炒地榆。
(2)寒湿凝滞：经行、分娩或产后受寒，或久卧湿地，寒湿之邪客于冲任胞脉，血行不畅则痛经或瘕瘕;素体虚弱，脏腑功能减退，阳气不振，冲任之脉失于温煦，血失固摄，血不循经而致月经不调或癥瘕。
目前研究发现，脏腑功能低下，易导致免疫功能异常。免疫系统调节失控，由免疫细胞分泌的一系列细胞因子、炎症介质等参与，促进异位内膜进一步生长和增殖而发生内异症。
临床主证：经常下腹冷痛、隐痛、得热则舒、经行腹痛加剧，畏寒肢冷，腰膝冷痛，头昏头痛，白带较多，月经不调，大便溏薄，婚后不孕，舌边紫黯、苔薄白，脉细紧。治则：温经通络、活血化瘀。方药：温经汤(《金匮要略》)加减，药用：当归、川芎、白芍、桂枝、人参、生姜、丹皮、甘草等。若下腹冷痛加艾叶、紫石英;小腹下坠加黄芪、升麻;大便溏薄加炒扁豆、肉豆蔻;带下增多加芡实、鸡冠花。
(3)肾虚瘀阻：房事不节或产育过多伤及肾气，致冲任损伤;因肾藏精，肾亏则精少，胞脉失于濡养，冲任气血不足，使气血运行不畅，滞而瘀阻。肾亏冲任损伤者易致免疫功能异常而发生内异症;肾亏瘀阻者易导致内分泌紊乱，排卵障碍，发生未破卵泡黄素化综合征，内异症属肾亏瘀阻型致不孕患者中79%是LUFS者。
临床主证：经常腰酸，头晕耳鸣，经行腹痛、痛引腰骶，肛门坠胀，平时少腹隐痛或不痛，月经先后不定期，经行量多、经色黯红，眼眶发黑，神疲乏力，孕后流产，继发不孕，舌苔薄质黯，脉细。治则：活血化瘀、补肾调经。方药：内异消(经验方)加减，药用：三棱、莪术、淫羊藿、肉苁蓉、菟丝子、穿山甲、水蛭等。若月经量多加阿胶、岗稔根;头晕耳鸣加女贞子、墨旱莲;继发不孕加仙茅、胡芦巴;神疲乏力加党参、黄芪。
(4)瘀热内阻：素为内热之体，或经行、产后复感热邪，或情志过极化火，或过食辛辣燥热之品，或瘀血曰久滞而化热，邪热阻内伤及冲任，气血不畅致内异症。
临床主证：下腹疼痛、腹部有灼热感，常有低热或经行发热，大便干结，口渴或口干不欲饮，月经提前、经色红夹血块，带下色黄，舌质红、苔薄黄，脉细数。治则：活血化瘀、清热散结。方药：清热调血汤(《古今医鉴》)加减，药用：黄连、生地黄、丹皮、桃仁、红花、丹参、香附、莪术、延胡索等。若伴低热加地骨皮、青蒿;心烦易怒加郁金、川楝子;月经先期加黄芩、黄柏;湿热重加土茯苓、萆薜;月经过多加炒槐花、陈棕炭。
(5)痰热互结：瘀阻可因气滞而引起，如果肝气失调、肝旺克脾，脾虚易致痰湿内生，痰湿内阻，影响肾之气化，使水湿停聚，气血津液运行失常，痰瘀互结而致内异症。
临床主证：月经量多或少，经期延长，肛门坠胀，性交疼痛，腰尻酸痛、经行加剧，胸闷不舒，喉中痰结，形体肥胖，嗜睡乏力，平时带多，婚后不孕，舌黯、舌尖有瘀点，苔白腻或厚腻，脉细濡。治则：软坚化痰、活血止痛。
方药：血竭散(《增效产乳备要》)加消瘰丸(《医学心悟》)加减，
药用：血竭、没药、丹参、赤芍、山慈姑、薏苡仁、竹茹、象贝母等。若月经不调加当归、川芎;胸闷不舒加全瓜蒌、枳壳;痰湿重加苍术、石菖蒲;瘀阻重加蛰虫、夏枯草;有包块者加水蛭、莪术。