诉讼时效问题!

我公司与B公司从1999年到2006年签过七个承揽合同，

我公司是承揽方，B公司是定作方，从1999年到2009年陆续汇来定作款，但仍差56万，

我去年起诉，是按照七个合同起诉的，算B公司在每个合同上差我公司钱，可是后来我发现，

其实是可以按最后一个合同起诉56万的，因为法律有规定，一笔款如果不能同时偿还前面所有的债务的话，

那么先偿还已到期的，可是现在已经起诉了，如果撤诉就要损失一半诉讼费，能否不撤诉，

法院又会判B公司按七个合同还清总款呢？法院会不会以最后一期付款只能代表最后一个合同的，

而认为前六个都已超过诉讼时效呢？如果是这样，那么我该怎么办，除了撤诉外，还有别的方法吗？