在今年两会期间，就有代表委员对平行志愿提出质疑，其中一个重要理由就是平行志愿过分强化分数作用、削弱了高校的招生自主权。
这种新的制度设计对降低考生填报志愿的风险，在选择高校方面有更多的空间和自由度，提供更多的机会。一位业内人士认为上述担心是有办法解决的。实行平行志愿后，投档分为两个阶段：第一阶段是预投档阶段，省招办可采取预投档的办法将大于招生计划数的考生档案投放给学校，学校审核后按计划确定拟录取人数，不符合要求的考生由省招办投给下一个志愿；第二阶段是实际投档阶段。正因为有了预投档阶段的准备，实际投档会顺畅很多。68所进行自主选拔录取的高校只要生源多、数量好，可以不受自主招生5%的指标限制。
平行志愿投档不否认分数的重要性。统一高考录取体制的核心就是以高考成绩作为录取的依据，这是高考制度的基本内核。而老百姓拥护高考制度的一个重要原因就是，任何人都可以通过考试的形式在同一起跑线上竞争。所以在这一层次上谈公平与合理已经取得共识。但是我们不能把高考成绩作为录取的依据。
一些高校并不欢迎平行志愿。其中一个重要原因，原来的梯度志愿让这些学校可能会招收一些分数较高的考生。一些分数不低的考生报考更高层次高校把握不大，为了稳妥起见报考本校。他们认为，平行志愿的实行可能会让这部分学校流失这些优质生源，尽管这些生源的量是不大的。
任何一种制度的设计都不可能十全十美，关键要看利弊得失。浙江的平行志愿经验证明：平行志愿的推行使高校录取考生的学业水平较为接近，首先是有利于高校教学组织管理，更为重要的是，它对促进高校提高办学质量具有激励作用。由于高校品牌和学生分数成正比，学校一般会无意外地招到学业水平较高的学生，学校要想提高生源质量，吸引更多学业能力强的学生报考，就必然会高度重视教育教学质量，以不断提升学校品牌。平行志愿在一定程度上引导社会科学客观地评价高校办学实力和办学质量。
东北大学校长赫冀成也有同样的观点。他在接受媒体采访时认为，今年，教育部在全国推广平行志愿填报方法，这是平等对待考生的一种方式。这种方法不是对所有高校都合适，但对学生却是最公平的。
作为一个探索中的试验，平行志愿投档不是解决所有录取问题的万能药。教育部部长周济在接受媒体采访时表示，这几年来，在很多省进行了高考平行志愿的录取方式的改革，受到了广泛的欢迎。最重要是有利于学生、有利于家长，对学生填报志愿和录取投档过程当中可以更加公平。
平行志愿不一定是的投档模式。但是在现阶段而言，它限度地维护广大考生利益，减少学生在高考填报志愿中博弈的风险性，可能是最可行的。