平行志愿填报虽然减少了志愿填报的风险，但同样存在风险。具体表现在以下三方面：
1、投档而被退档的风险。虽然教育考试部门从减少投档而被退档的矛盾出发把投档比例定位105%，但是仍有5%的考生投档后可能会被退档。退档的考生，即便是A志愿退档，也将直接进入征求志愿。这是平行志愿填报的风险。被退档的理由大致有：高考分数在所有被投档该学校考生中偏低；填报专业志愿太高，且志愿不服从调剂。当然，如果高校实行“进档即取”的原则，那么，只要分数达到投档线，志愿服从调剂，就不会退档，落榜生将大大减少。
2、定位不准确的风险。举例来说，某个文科考生，2008年高考填报志愿时，预计自己可以考510分左右，于是A志愿填报上海交通大学，B志愿填报上海外国语大学、C志愿填报上海财经大学、D志愿填报华东师范大学，可考试下来，总分只有495分，离开D志愿华东师范大学的最低投档分尚有3分差距，第一轮投档失败。这就是定位不准所带来的风险。
3、志愿没有梯度的风险。举例来说，某位文科考生A志愿填报上海外国语大学、B志愿填报上海财经大学、C志愿填报华东师范大学、D志愿填报上海对外贸易学院，这4所学校2008年的投档分依次为503分、502分、498分、493分，相差幅度总计不超过10分，学校之间根本没有拉开梯度，容易因考场发挥等因素，造成一校落榜，其余3校也没有机会。
减少以上三方面风险，要求考生在填报志愿时，注意四点：
1、准确评价自己的实力，并根据自己的实力，确定最理想报考院校与最不理想报考院校的范围。把最不理想报考院校作为D志愿。
2、重视A志愿的选择，虽然对于考生来说，不能投档到A志愿，还可投档到以后的志愿，但是，如果按实力报考A志愿毫无希望，选择A志愿属于浪费；如果报考A志愿有一定希望，考生必须考虑被投档却因分数低而退档的可能，虽然发生这种情况的几率很小，但一旦发生，后果极其严重。当然，如果考生对此有心理准备，也不妨尝试。另外，从兴趣角度出发，A志愿应该是考生实力和兴趣结合的学校。
3、在填报志愿时，要减少投档而被退挡的可能。一要填写服从专业调剂；二要注意专业填报。平行志愿愿否调剂栏中有5个数字表示自己的意向：1表示全部愿意调剂；2表示全部不愿意调剂；3表示除中外合作专业外，其他愿意调剂；4表示除医学类外，其他愿意调剂；5表示除农林专业外，其他愿意调剂；全部空白也表示不愿意调剂。录取时一律不予调剂。凡填写的，录取时不再征求考生意见。
4、进行合理的志愿搭配，增加各志愿的有效性。在平行志愿填报中，依旧要注意平行志愿间的梯度，一方面，不能使前后志愿顺序颠倒，使后一志愿失效；另一方面，不要使前后志愿完全“平行”，造成前一志愿不能投档，后一志愿也不能投档。