现存问题
不足1招生程序存在不透明？
调查显示，认为高校自主招生在公开、公平和公正上“部分做到”、“完全做到”的教师分别为58.9％和13.2％，学生分别为46.6％和14.2％。264名参加过高校自主招生的高三学生中，认为自主招生政策与方案“部分透明”和“透明”的分别为48.5％、35.6％。还有15.9％的人认为“不透明”。
座谈中，校长、教师们普遍反映有自主招生的高校基本能根据教育部的要求做到“条件明确化、程序规范化、招生办法公开化、录取结果公示化”，但对高校组织专家对学生进行测试到最后确定预录取名单的这一过程，则认为受人为因素干扰比较大，有可能产生不公正。
建议：积极出台《考试法》，对高校自主招生作出明确规定，在笔试、面试和最终确定预录取名单等环节上进一步标准化、规范化和公开化。
不足2自主招生有“应试倾向”？
调查显示，在参加过自主招生的学生中，有4.2％的人认为测试题与教材直接有关，14.4％的人认为与教材没有直接联系，其余81.4％的人认为部分测试题或多或少地与教材有直接联系。
对于自主招生测试题的现状，有着不同反映。测试题突破高中教材内容，有人认为对农村学生、家庭经济困难学生等没有条件拓展见闻的弱势群体不利，有人则担心偏题、怪题会对学生产生“负面影响”，如果过多局限于高中教材内容，无异又增加了一次高考。
据悉，目前已经出现了自主招生的“应试倾向”，社会机构出版了相应的辅导书籍，一些学校也增订应试材料，加强应试技巧的培训等。调查结果显示，有57.8％的学生认为自主招生使得学生的学习压力和课业负担加重了，46.7％的教师认为自主招生使得教师的教学负担和工作压力加重了。
建议：对于市面上的“自主招生辅导班”、“历年试卷”，一些高校告诫考生“别上当”。据了解，上海复旦、交大的面试官若发现考生“背书标”，会调换其他问题。复旦自主招生的命题，有权限通览全卷的负责人仅4人。题目每年更新，学生不必花精力为自主招生复习迎考。
不足3高校测试时间影响备考？
调查显示，参加过自主招生的高三学生认为参加自主招生“方便”、“一般”和“不方便”的分别占19.7％、56.4％和23.9％，学生对方便度评价并不高。
自主招生时间一般为上一年11月或12月公布招生简章，开始接受报名，1月份组织笔试，2月或3月份进行面试，前后约4－5个月时间。校长和教师普遍反映这种安排影响了学校的正常教学，不利学生对全国高考的复习准备。高校集中时间自主招生，有的学生要同时参加几场测试，疲于应付。
建议：调研组认为，可以将自主招生移至高考之后，全面放开高校自主招生。高考分数和学生在高中里的表现作为参加各类高校自主招生的条件，各高校可以根据自身特色和专业发展需要提出招生条件和测试要求，学生则可以根据情况报考适合的学校。
不足4自主招生成为生源大战？
目前高水平大学自主招生规模逐步扩大，参加的高校数再增加，且各校自主招生的学生数也再扩大，有的甚至与计划招生数持平。有被调查者认为，这样的现状就不仅是针对少数创新拔尖学生了，有各高校招生竞争抢生源之嫌，那些不能参加自主招生的高校和高中生连竞争的机会都没有，产生了新的生源不公平。
报告分析由于自主招生定位不清，导致人们对招生比例产生不同看法。认为比例太少的是从扩大高校招生自主权、促进选择机会平等角度来看，认为比例太少的则是从选拔少数创新拔尖人才角度来说。
建议：有专家提出，首先要明确自主招生定位问题。也有专家认为，自主招生的高校与规模，不可持续扩大，最多维持在原状。还有人建议，高校的自主招生考试可以一年举行一次以上，避免招生扎堆进行，造成生源大战，同时也可增加高校的选择自主权。