2009年，清华大学保送生与自主招生采用相同的试卷进行。从理念到内容，清华大学对试卷做了精心设计。孟芊介绍说，试卷内容大体可分为两部分。
第一部分内容侧重与高中教育相衔接，多数题目考生不会感觉陌生。“这部分内容尊重了高考对学生综合能力考核的特点，相信高中基础知识扎实、各科目均衡发展的考生能发挥自身优势，取得不错的成绩。”孟芊说。
第二部分内容既有别于高考，也不同于竞赛。“内容不拘泥于高中的教学大纲，形式也会比较灵活，知识面宽、创造力强的考生更容易脱颖而出。此外，这部分内容估计绝大多数考生在规定时间内无法全部完成，学生可以根据自己的特长选做相关的题目，这样也为那些在某一方面有突出特长的学生提供了机会。”孟芊说。
孟芊表示，考生必须参加两部分内容的全部考试。两部分内容也将分别计算成绩。他认为，这种方式不能简单地称为“保送生与自主招生笔试合一”，因为对考生而言，“从形式上是一次笔试，从最终认定上有两个入围的标准，每位考生都有两次机会。这样，无论‘通才’还是‘偏才’都有机会被清华保送或者被自主招生认定。”
孟芊强调，采取这样的考试方式，是清华在充分考虑到我国中学教育差异性的基础上确定的，努力给不同地域、不同中学、不同特点的中学生都提供机会，更加体现了清华人才选拔的公平、公正和公开。”