2009年上海秋季高考生命科学试卷的特点是：基于“二期”课改教材的知识构架，突出对过程与方法的测量；兼顾对“双基”和创新性学力的考查。力求达到全卷难度中等偏易，力求与其他学科保持均衡，力求平稳过渡、稳中有变。
1、严格遵守考试说明，对学科“双基”进行考查
“双基”是学生能力提高的基础，是分析、判断、解答问题的依据，离开了基础知识、基本技能，任何有关提高学生能力的理论都是毫无意义的。因此，试题仍然强调考查学生对基础知识和基本实验的掌握。如选择题中绝大部分1分题，第20、21、26、29、34题，都是测量学生“双基”能力的题目。
2、对过程与方法进行测量，体现“二期”课改的“三维”目标
“二期”课改强调探究的过程，强调获取信息与处理信息的能力培养，强调“三维”目标的达成。部分试题，一反过去静态呈现情境和设问的做法，将探究的路线和思路动态呈现或针对过程进行设问，开创性地实现了对过程与方法的测量。如第39、41题。同时此类题目分值较去年有所增加，以保证试卷的整体难度比去年略有提高，达到与其他学科的均衡。
3、试题情境新颖，测量创造性学力
生命科学“二期”课改的课程标准中提到要对学生的创新能力进行培养，为了能在试卷中对学生的创新力进行测量，试题着力选择同时具备科学性、新颖性、易读性的情境。新颖性确保试题能对学生的创新性学力进行测量，提高试卷的区分度；易读性保证题干通俗易懂，不因学生阅读能力差异产生答题差异，从而确保测量的公平性和有效性。如第34题的第4小题，第36、37题，第38题第3小题，第40题第3小题。
4、充分利用教材情境，力求平稳过渡
今年是全面使用“二期”课改教材的第一年，与老教材相比，新教材新增了不少知识点。试卷新增内容的试题多以教材上的图、表和内容为素材组织试题。如：第3、9、10、11题，34题图1和34题第1至3小题，以保证本试卷既能知识覆盖面达标，又能实现新增内容部分的平稳过渡。