5岁儿童幽门螺杆菌的根治可联合应用抗生素、铋剂、抗酸分泌药进行治疗。根据《儿童幽门螺杆菌感染诊治专家共识》，可将儿童根除幽门螺杆菌的治疗方案分为以下：
1、一线方案
在克拉霉素耐药率低（＜20%）的地区，可联合应用PPI+阿莫西林+克拉霉素，若青霉素过敏，则换用甲硝唑或替硝唑，联合用药疗程为10天或14天。
在克拉霉素耐药率高（＞20%）的地区，可联合应用甲硝唑+阿莫西林+铋剂，以及序贯疗法PPI+阿莫西林，疗程为5天；PPI+甲硝唑+克拉霉素，疗程也为5天。
2、二线方案
如果一线方案治疗失败，可用PPI+甲硝唑（或替硝唑）+阿莫西林+铋剂，或伴同疗法PPI+阿莫西林+克拉霉素+甲硝唑，疗程为10天或14天。
在根除治疗结束后4周左右，建议到医院进行复查，判断治疗是否起效。