准确而言，脑没有毛细血管，所谓的脑毛细血管堵塞，应该是细小动脉阻塞，也可称为腔隙性脑梗塞，属于脑血管堵塞的一种，没有最好的治疗方法，但通过治疗可以得到较好的缓解作用。需根据具体的原因进行治疗。
1、脑血栓：脑血栓是指脑动脉由于局部血管病变而继发血栓形成血管壁增厚、管腔狭窄或闭塞，引起脑局部血流减少或供血中断，导致脑毛细血管堵塞缺氧，出现局灶性神经功能缺损症状。临床上采用尿激酶、阿加曲班、氯吡格雷等药物，对于改善血液循环，以防脑毛细血管再次发生堵塞。
2、脑栓塞：脑栓塞常与脑血栓相混淆。脑栓塞导致的脑毛细血管堵塞的不同点在于造成脑梗塞的栓子来源于其他部位，比如心源性、肺源性甚至全身，它造成的症状表现急骤，在数秒或数分钟达到高峰。药物治疗以溶栓为主。如果药物治疗无效，病情严重者，可考虑采用介入治疗。