胶囊胃镜和肠镜不可以一起做，会影响操作和检查结果，但可以在一天内同时做完。
胶囊胃镜（胶囊内镜）主要适用于胃部精细检查和小肠检查。胶囊内镜需要在磁控胶囊系统下进行，患者无需麻醉，只需吞入胶囊，之后医生会通过软件实时操控体外磁场来控制胶囊在肠胃里的运动，一般在15-30分钟可完成胃部的检查。因为做胶囊内镜时需要根据胶囊的位置来进行体位调整，检查后在8-10小时左右，完成小肠检查，胶囊会随着排便一同排出体内。而肠镜一般需要麻醉，体位不能随时改变，如胃镜需要改变体位时极不方便，因此胶囊胃镜和肠镜不可以一起做，一起做的话会影响到相互的操作和检查结果。
但如果胶囊进入大肠后，可继续做肠镜对接。