头大腿短的原因可能是生理因素、遗传因素、病理因素等。
1、生理因素
胎儿时期，身体处于快速发育阶段，尤其是中枢神经系统，因此会引起头大腿短的情况。
2、遗传因素
由于父亲或母亲也是头大腿短，容易遗传给下一代。
3、病理因素
佝偻病：可由缺乏维生素D、日晒时间过少，或者是维生素D需求过大，相应地引起头大腿短。
胎儿畸形：可能是染色体、基因遗传，或者是感染、辐射等引起。
侏儒症：由激素缺乏、遗传因素、疾病因素，如克罗恩病、甲状腺功能减退等诱发。
呆小症：先天甲状腺发育不全、怀孕期间摄入碘不足等引起。