半夜突然发烧可能有以下原因：
1、感染性发热，见于各种病原体，如细菌、病毒、支原体、真菌、立克次体等感染。
2、非传染性发热包括一些结缔组织疾病、风湿热和一些内分泌代谢疾病，如甲亢。
3、还可见于自主神经功能障碍，如原发性低热、感染后低热等，但一般来说，感染性发热较为常见，因为当感染发生时，这些病原体可在体内生长繁殖，并不断刺激机体的体温调节中枢。
半夜，人体散热减少较多，产热减少不多，可能导致半夜发烧。而且，在白天，人体的抵抗力比较强，而且人体的新陈代谢也比较快，所以这个时候不容易发烧。但到了半夜，人体大部分器官处于休息状态，因此感染时很容易发烧。