吉非替尼耐药后，患者需要再次进行基因突变检测，明确其耐药机制，再根据不同的耐药机制制定相应的后续治疗方案。
吉非替尼是用于治疗EGFR基因敏感突变的非小细胞肺癌的第一代EGFR-TKI靶向药物，但患者用药一段时间后会出现耐药性，而产生耐药性的原因比较多，多数是因为EGFR基因发生T790M突变，少数发生HER2突变、MET突变等。
一般建议患者先进行基因突变检测，确定是哪种类型的耐药机制，再进行针对性的治疗。三代的EGFR-TKI靶向药物：奥希替尼、阿美替尼、伏美替尼对于常见的耐药机制T790M突变有较好的抑制作用，而赛沃替尼用于治疗Met基因突变的效果较好。
具体治疗方案需要在医生指导下进行，如果没有合适的治疗靶点，患者耐药后仍可采用全身化疗的方案。