骨母细胞瘤是良性还是恶性，需要结合病理类型以及免疫组化检查的情况才能确定。边界清楚的骨母细胞瘤多是良性，边界不清的可考虑恶变情况。
骨母细胞瘤在过去被认为是区别于骨肉瘤的良性肿瘤，实际上是一种在组织学上无恶性表现，但伴有侵袭性、恶变倾向的特殊肿瘤。
骨母细胞瘤在脊柱的发病率较高，会引起骨痛或者神经受到挤压的相应症状（肢体的麻木无力、活动不灵等），可能会侵袭肺部，甚至在短时间内转变为恶性肿瘤。骨母细胞瘤的治疗以手术为主，可对局部行切除手术，如果局部切除困难，可进行局部搔刮，术后密切观察肿瘤情况，加以头孢克肟等药物辅助治疗，预防术后感染，必要时可能还需要进行放疗治疗。对于无法手术或术后复发的病人可选择单纯放疗。