三岁小孩有尿不愿意尿可能是泌尿系统感染产生炎症且引起尿痛，或患有尿道结石引起尿痛所造成的。
小孩由于机体免疫功能仍较差，且可能不太注意个人卫生，泌尿系统容易感染细菌，产生炎症，比如尿道炎。炎症会刺激泌尿系统，导致排尿时出现尿道烧灼痛的情况，小孩会感到不适而产生抗拒及恐惧心理，从而可出现有尿时不愿意尿的情况。另外，如果小孩患有尿道结石，而较大的尿道结石在排出时可能会卡在尿道中间，容易引起尿道黏膜痉挛、损伤，而小孩在排尿时可出现疼痛，进而可导致小孩有尿时会恐惧排尿，甚至不愿意排尿。
家长应及时询问小孩是否有不适症状，建议就医检查，并教育小孩做好个人卫生与日常清洁，勤换内裤。