婴儿如果发生肛瘘，都有一定自愈的情况，一般来说，在两周岁之内都可以发生自愈，如果超过两周岁还是没有自愈，并且形成了肛瘘。
也就是说，这个肛瘘是由于肛窦的感染引起来的，那么这种状态下，就要通过手术的方法来进行治疗。
肛瘘是肛周脓肿溃破以后所遗留下来的管道，而婴儿的肛周脓肿，主要还是由于存在腹泻的情况，然后引起了肛门周围化脓性的疾病。
如果发生症状，可以行进行对症治疗，通常是使用碘伏进行涂擦后涂抹红霉素软膏进行治疗，腹泻往往是外来的诱发因素，所以也要纠正孩子腹泻的情况，可以给孩子吃点肠道益生菌，调理一下肠道的菌群液。
如果有形成孩子有明显的疼痛，可以适当的进行切开引流，把脓液给放出临时性的缓解症状。