中药朱砂的副作用：本品有毒，不宜大量服用，也不宜少量久服，肝肾功能不全者禁服。
【中药朱砂的毒副作用】：
祖国医药学对朱砂毒性的认识，经历了由“无毒”到“有毒”，到目前“限量”使用的过程。自《神农本草经》将其列为上品以来，直至明清，对朱砂的毒性，特别是导致慢性中毒的弊端，基本上没有认识，几乎均认为朱砂“无毒”。虽然在唐代一些医家中，曾引起过较大的异议，如《药性论》言其“有大毒”，但并未引起后世医家的重视，仍以为其“无毒”。直到明清时期，诸医家才改变了对朱砂“无毒”的认识，如《本草经疏》中载：“若经伏火及一切烹炼，则毒等砒硇，服之必毙”，不仅指出了朱砂的毒副作用，而且还指出了火锻可使朱砂的毒性增强。目前中药学已将朱砂列为“有毒”中药，且忌火煅。
现代研究表明，朱砂内服过量可引起毒性。由于无机汞在人体内的吸收率为5%，甲基汞的吸收率可达100%。朱砂在厌氧有硫的条件下，PH7、温度37℃的暗环境中与带甲基的物质相遇均能产生甲基汞，而人体肠道正具备一条件，故内服朱砂制剂增加了中毒机会。
朱砂在临床上的主要中毒表现为：
①神经系统：失眠多梦，记忆力减退，头痛头晕，手脚麻木等。
②消化系统：初期表现为恶心，呕吐，咽喉肿痛，食欲不振，重者可出现消化道出血。
③泌尿系统：常表现在中毒后期，血压下降，心率紊乱或中毒性心肌炎等。汞吸收入血后通过生物膜进入红细胞与血红蛋白的巯基（-SH）结合，可侵害脑细胞、胎儿、精子、卵子、心、肝、肾等，还可抑制多种酶的活性，严重时发生急性肾功能衰竭而死亡。
【朱砂中毒原因】：
1、炮制不当：临床应用的朱砂细粉多半质地不纯，甚至颜色发黑，究其原因，可能与炮制不当有关。目前，朱砂的炮制，仍有采用机械化加工，如使用球磨机研磨，这样会使有毒汞游离出来，所得朱砂细粉就必然发黑。内服这种朱砂，很明显会导致汞中毒。古法和2000版《药典》规定炮制朱砂时，均要求先以磁铁吸去铁屑，然后以水飞法不断加水研磨，方可得到红色细粉正品朱砂。这样炮制后的朱砂，游离汞和可溶性汞盐的含量最低。因此，临床选用朱砂应以外形光明无杂者为佳，其炮制应以《药典》规定的水飞法为准则。
2、剂量过大：朱砂镇心安神，常用于风痰诸痫、，精神恍惚、口吐白沫等证。临床对癫痫等精神疾患治疗时，常大剂量口服朱砂，致使中毒者屡有发生。2000版《药典》明确指出，含有朱砂的药中，朱砂含量应为0.1～0.5g，因此日服用量不能超过0.5g。
3、服用时间过长：临床有患者因患顽固性失眠症而长期轮换服用朱砂安神丸等含朱砂制剂，结果造成慢性肾功能衰竭。有学者计算了，当人体汞的积蓄量达到100mg时即可发生中毒反应。按照汞在人体内代谢速度推算，每天吸收10mg汞，经过10.5天即可达到100mg的体内积蓄量。因此，对一般患者，连续服用朱砂及其制剂的时间不宜超过7天。
4、制备服用方法不当：治疗失眠症的中药汤剂中，一些中药常用朱砂包衣，以提高其安神作用，如朱茯苓等。这些药常与其它中药一起入汤剂同煎，结果造成汞中毒。因此，朱砂入汤剂时，应用煎制好的药液或温开水冲服，禁止与群药同煎；朱砂挂衣的药物不宜入汤剂。同时，朱砂应避免与含铝成分的药物（如明矾）同用，也不宜将朱砂置于铝器中加水研磨，或盛放在铝器皿中。因朱砂与铝会发生化学反应，生成灰色的铝汞齐，而导致中毒。
5、配伍不当：研究表明，含朱砂的中成药不宜与碘化物、溴化物配伍同用。两者同时服用可在肠道内生成碘化汞或溴化汞，毒性大大增强，可导致药物性肠炎。而最有机会混合使用到这三种药物的要数神经衰弱和失眠患者。因此，患者服用含朱砂的安神中药时，一定不要同时服用三溴合剂之类含溴化物的西药。
体质因素研究表明，肝肾功能不全的患者和小儿，更易出现汞中毒的情况。因此，《药典》规定，肝肾功能不全者禁服。小儿脏腑娇嫩，应尽量少用或不用。
综上所述，朱砂在临床应用中，功过两分，既发挥了重要的医疗作用，又对人体造成了严重的不良后果，其中毒原因是由多方面因素造成的。在临床应用时，只要严格按照《药典》规定使用，并对朱砂开展深入系统的毒理学研究，尤其注意朱砂中汞对中枢神经系统、肾脏及生殖系统的毒性作用，即可扬长避短，趋利避害。