小针刀治疗一般用于治疗腰椎间盘突出症，慢性腰肌劳损和颈椎病。进行治疗时一定要正确选择穴位，并注意无菌操作，以免手术时发生感染。小针刀的治疗过程相对简单，疗效好，疗程短，适应的范围也广。然而，毕竟是一种手术，因此小针刀手术还是会有些副作用的。
小针刀的副作用：
1、容易造成损伤：由于小针刀治疗是在非直视下进行的，如果对人体解剖结构，特别是局部解剖结构不熟悉，手法不熟练，容易造成患处损伤。
2、选择穴位必须准确：选择阿是穴作为治疗的穴位，必须找到疼痛的中心点进行进针，垂直进针(非疼痛穴位可以灵活选择)，如发生偏转非但治疗不到病变的部位，还易损伤非病变组织。
3、病情易反复发作：患者的习惯性生活，行走姿势，工作姿势等原因都容易导致病情复发，手术切除了局部粘连，但由于局部术后伤口出现粘连，再次遭受风，寒，湿邪入侵导致病情复发。
4、术后出血和粘连：穴位的选择必须准确，即选择阿是穴作为治疗点必须是痛点才可以，由于术中的操作不当，以及术后患者一些日常习惯所致，容易出现患处出血和组织粘连的情况。