怀孕三个月属于孕早期，孕早期最易受到内外因素的干扰而让宝宝发生器官形态结构畸形，孩子脑子里长了东西可能是由于孕妇未补充足够的叶酸所导致，虽然在孕早期结束的时候胎儿只长成绿豆大小，但是胎儿所有主要的机体结构都已经开始形成，胎儿的一些主要器官，如大脑、眼睛、脊柱、肝脏、手臂和腿都已经开始发育，若此时不注意补充叶酸，又受到恶劣环境等影响，就极可能导致胎儿大脑出现问题。
怀孕三个月孩子脑子里长了东西怎么办
1、注意孕期。应与医生积极合作，帮助他们了解怀孕过程和相关的医疗记录。
2、烟草含有数百种有毒物质，孕妇直接或间接吸入烟雾导致堕胎、早产、胎儿发育不良和各种畸形。
3、合理的饮食和休息。合理调整饮食以适应当前的生理特征，如减少膳食数量，选择高质量的消化食品等。
怀孕期间的注意事项
1、运动忌剧烈。孕早期正是胎儿还不稳的时段， 应禁止进行剧烈的活动。
2、乱服保胎药。身体每个异样的表现，可能都会引起孕妇的担忧，但是孕妇应该谨慎用药，乱服保胎药可能会起到相反的作用。
3、和宠物共处。在动物的皮毛和粪便中可能有各种寄生虫，如弓形动物、导致流产的胎盘感染、死产、子宫内发育迟缓和胎儿畸形，以及脑病、脑缺陷、眼睛畸形等。