胚胎停育是指因受精卵缺陷或母体存在不利妊娠的因素，导致早期或中期胚胎死亡，全部或部分的组织留在官腔内未能自然排出的一种病理性妊娠。有报道统计胚胎停育占早期妊娠的10%~18%， 且近年来有逐渐增高的趋势，妊娠结局为反复流产。
导致胚胎停育的原因非常复杂，包括了遗传因素所导致的孕卵或胚胎发育异常、感染因素、免疫异常、 母体内分泌失调、子宫因素、全身性疾病、手术创伤 等原因，除此之外还有约40%~50%的胚胎停育原因未明。
遗传因素
包括父母双方或某一方染色体异常及 胚胎染色体检测异常、染色体数目及结构异常、基因 突变、基因多态性等，在自然流产绒毛中染色体异常的检出率高达55%~66%。
免疫因素
据报道，40%~60%的胚胎停育与免疫因素有关。受精卵在母体宫腔内的种植可认为是一种半同种移植现象，妊娠发生时，免疫细胞会在母胎界面通过复杂的免疫调节机制产生免疫耐受作用，维持胚胎发育所需的微环境，通过免疫调节作用使胚胎不被排斥。子宫蜕膜中的主要免疫活性细胞有含量丰富的自然杀伤（NK）细胞、T细胞和巨噬细胞。成功的胎盘植入取决于NK细胞对滋养层抑制或活化反应的正确平衡。
感染性因素
常见的病原体有：衣原体（CT）、支原体（UU）、弓形 虫（TOX）、巨细胞病毒（HCMV）、加德纳菌感染等。 宫腔受到阴道加德纳菌感染侵犯，会引起官腔炎症， 破坏羊膜、绒毛膜组织结构，降低其组织功能，其内毒素又可诱导多种细胞因子释放，这些细胞因子对子宫内膜存在一定的毒性作用，损害妊娠组织的生长，导致胚胎发育停滞。
内分泌因素
黄体功能缺陷、多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症、高泌乳素血症、甲状腺功能异常、未控制的糖尿病等。月经期子宫内膜雌孕激素受体、细胞凋亡bcl一2基因家族及其调控因子bax蛋白的表达出现紊乱，破坏了子宫内膜为着床 准备的局部微环境，从而造成不孕或流产；多囊卵巢综合征患者由于长期无排卵，雌、孕激素分泌不协调，使着床期子宫内膜与种植相关的基因表达减弱，从而影响胚胎着床过程中的多个环节。近期研究发现，妊娠早期促甲状腺激素升高可导致自发性流产发生风险增加；另外，孕激素作为一种甾体激素，在妊娠建立和妊娠维持过程中发挥着核心作用。
细胞增殖和凋亡
正常妊娠过程中胎盘绒毛和蜕膜的细胞凋亡和 增殖处于一种平衡状态。自然流产妊娠组织中存在着过度凋亡，而且过度凋亡的发生与促凋亡基因的高表达有关。当滋养细胞侵袭力不足，胎盘血管增殖不良，且凋亡的“促进-抑制平衡”被打破时，可能会导致病理妊娠的发生。
解剖因素
子宫畸形（如子宫发育不良、双子宫、单角子宫、 双角子宫、子宫中隔等），子宫肌瘤（如黏膜下肌瘤及 某些壁间肌瘤）、子宫腺肌瘤、官腔粘连等，均可影响胚胎着床发育而导致流产。
环境及个人因素
电磁辐射、大气污染、精神紧张均是胚胎停育的诱因。另外，女性个人不良生活习惯如酗酒、吸烟、毒品及咖啡等；月经史、孕产史、口服避孕药史、孕期服药史、妇产科疾病史、手术创伤 及慢性疾病史，宫内感染、早孕期高烧史、孕期X线 照射史及早孕期精神受挫、焦虑、生殖知识匮乏等都可能是增加胚胎停育的危险因素。