胚胎停育是指因受精卵缺陷或母体存在不利妊娠的因素，导致早期或中期胚胎死亡，全部或部分的组织留在官腔内未能自然排出的一种病理性妊娠。有报道统计胚胎停育占早期妊娠的10%～18%， 且近年来有逐渐增高的趋势，妊娠结局为反复流产。
导致胚胎停育的原因非常复杂，包括了遗传因素所导致的孕卵或胚胎发育异常、感染因素、免疫异常、 母体内分泌失调、子宫因素、全身性疾病、手术创伤等原因，除此之外还有约40%～50%的胚胎停育原因未明。
遗传因素
包括父母双方或某一方染色体异常及胚胎染色体检测异常、染色体数目及结构异常、基因突变、基因多态性等，在自然流产绒毛中染色体异常的检出率高达55%～66%。
免疫因素
据报道，40%～60%的胚胎停育与免疫因素有关。受精卵在母体宫腔内的种植可认为是一种半同种移植现象，妊娠发生时，免疫细胞会在母胎界面通过复杂的免疫调节机制产生免疫耐受作用，维持胚胎发育所需的微环境，通过免疫调节作用使胚胎不被排斥。
子宫蜕膜中的主要免疫活性细胞有含量丰富的自然杀伤(NK)细胞、T细胞和巨噬细胞。成功的胎盘植入取决于NK细胞对滋养层抑制或活化反应的正确平衡。
感染性因素
常见的病原体有：衣原体(CT)、支原体(UU)、弓形 虫(TOX)、巨细胞病毒(HCMV)、加德纳菌感染等。 宫腔受到阴道加德纳菌感染侵犯，会引起官腔炎症， 破坏羊膜、绒毛膜组织结构，降低其组织功能，其内毒素又可诱导多种细胞因子释放，这些细胞因子对子宫内膜存在一定的毒性作用，损害妊娠组织的生长，导致胚胎发育停滞。
内分泌因素
黄体功能缺陷、多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症、高泌乳素血症、甲状腺功能异常、未控制的糖尿病等。月经期子宫内膜雌孕激素受体、细胞凋亡bcl一2基因家族及其调控因子bax蛋白的表达出现紊乱，破坏了子宫内膜为着床 准备的局部微环境，从而造成不孕或流产。
多囊卵巢综合征患者由于长期无排卵，雌、孕激素分泌不协调，使着床期子宫内膜与种植相关的基因表达减弱，从而影响胚胎着床过程中的多个环节。近期研究发现，妊娠早期促甲状腺激素升高可导致自发性流产发生风险增加;另外，孕激素作为一种甾体激素，在妊娠建立和妊娠维持过程中发挥着核心作用。
细胞增殖和凋亡
正常妊娠过程中胎盘绒毛和蜕膜的细胞凋亡和增殖处于一种平衡状态。自然流产妊娠组织中存在着过度凋亡，而且过度凋亡的发生与促凋亡基因的高表达有关。当滋养细胞侵袭力不足，胎盘血管增殖不良，且凋亡的“促进-抑制平衡”被打破时，可能会导致病理妊娠的发生。
解剖因素
子宫畸形(如子宫发育不良、双子宫、单角子宫、 双角子宫、子宫中隔等)、子宫肌瘤(如黏膜下肌瘤及某些壁间肌瘤)、子宫腺肌瘤、官腔粘连等，均可影响胚胎着床发育而导致流产。
环境及个人因素
电磁辐射、大气污染、精神紧张均是胚胎停育的诱因。另外，女性个人不良生活习惯如酗酒、吸烟、毒品及咖啡等;月经史、孕产史、口服避孕药史、孕期服药史、妇产科疾病史、手术创伤及慢性疾病史，宫内感染、早孕期高烧史、孕期X线照射史及早孕期精神受挫、焦虑、生殖知识匮乏等都可能是增加胚胎停育的危险因素。