宫内感染
如果手术前准妈妈有被感染的机率或者是在做完羊水穿刺术后没能及时地做好清洁、卫生的工作，那么就会有宫内感染的现象出现。
特别是手术前的孕妇存在感染，那么很有可能在羊水穿刺的过程中把细菌带入羊膜囊内，从而造成宫内感染，引起高热、子宫收缩和或腹部疼痛等问题。当然这种情况一般是比较少见的。
2刺伤胎儿
羊水穿刺是利用一根细针穿进准妈妈的羊膜腔内抽取羊水的，在这个过程中很有可能会出现刺伤胎儿的情况。不过不用担心，一般刺伤也无大碍，会自行愈合。
当然，这种情况一般比较少见，因为现在的羊水穿刺都是在超声下进行的，可以见到宫内的情况，偶尔胎儿动一下，医生也能够立即避开。在怀孕晚期，胎儿已经很大的时候容易出现这种情况。
3血液传染
羊水穿刺的另外一个潜在风险是血液传染，有一定的几率使孕妇和胎儿的血液接触，当发生接触时，如果孕妇的的血液为RH阴性，并且胎儿的血液为RH阳性时，会出现危险。
4呼吸窘迫
有少数研究发现，接受过羊水穿刺的胎儿，在出生后较易有呼吸窘迫的问题，发生率为1.1%，未接受过羊水穿刺的胎儿则为0.5%。
新生儿呼吸窘迫的影响：
新生儿呼吸窘迫主要是由于缺乏肺泡表面活性物质所引起，导致肺泡进行性萎陷，患儿于生后4-12小时内出现进行性呼吸困难、呻吟、发绀、吸气三凹征，严重者发生呼吸衰竭。发病率与胎龄有关，胎龄越小，发病率越高，体重越轻病死率越高。
5导致破水
羊水穿刺需要用细针穿过腹壁和子宫壁，从而到达羊膜腔，而这个操作很有可能导致破水。
据统计，羊水穿刺导致破水的发生率为1%。不过孕妇不用担心，这种情况一般会在几天内自行愈合。
6导致出血
羊水穿刺很可能造成准妈妈出血的情况，有的甚至会引发出血性休克，致使术后流产以及危及胎儿等。
原因：在穿刺过程中有可能损伤毛细血管，也可能是胎儿在宫内有异常，跟疾病本身也有关系。
怎么办：建议孕妇随时注意有无见红，注意休息，如有不舒服及时到医院就诊。
7可能不会一次性成功
羊水穿刺可能不会一次性就成功完成，需要再次进行穿刺手术。
常见的手术失败的情况有：
1、穿刺失败。在羊水穿刺手术的过程中可能会因为准妈妈自身的原因，如腹部及子宫的异常或者是腹中羊水较少以及胎盘位置处于前壁等导致手术失败。
2、羊水培养失败。羊水培养会各种因素的影响而导致羊水培养失败。比如穿刺术的时间长短，培养基及标本异常等。
3、非人为因素导致的羊水培养失败。因一些无法控制的原因，比如突然间断电、地震等自然灾害或者是医用设施等不健全而使羊水培养受到阻扰。
8不能完全排除一些畸形儿
羊水穿刺术虽然可以检查出很多的畸形情况，但它并不能完全可以将畸形儿筛查出来。
该技术可以用于诊断一些因染色体不正常而致的病情，但是并不能完全发觉染色体微小的异样，而且也不能诊断出一些多基因病或别的因素而引起的胎儿畸形。
羊水穿刺可以检查出哪些畸形：
可以检查出胎儿在染色体方面是否存在畸形，比如先天性呆傻儿、愚型儿、无脑儿或脊柱裂等，同时也能筛查出唐氏症，还可以判断出一些与基因有关的疾病，如乙型海洋性血虚和血友病等。
9哪些孕妇需要做羊水穿刺
从上术可知，羊水穿刺存在一定的风险，所以，一般的孕妇最好不要做羊水穿刺，但又下列情况的孕妇一定要做羊水穿刺检查，提高生育健康婴儿的比率。
符合以下条件的准妈妈最好做羊水穿刺：
1、超声波检查疑有神经管缺陷等胎儿畸形或母体血中甲胎蛋白异常高值者;
2、孕期有某些病原体感染，如风疹病毒、巨细胞病毒或弓形体感染;
3、曾生育过先天性缺陷儿，尤其是生育过染色体异常患儿的准妈妈;
4、夫妻双方有染色体异常的可能性;
5、分娩时，准妈妈的年纪在35岁以上。
6、女性是性连锁遗传疾病的携带者，在怀孕的中期阶段有必要清楚胎宝宝是男是女。
6、有过特殊生育史或血清异常，或者曾经生产过神经管异常宝宝的孕妇。
7、唐氏筛查高危的准妈妈。