首先引起男性不育的因素很多，精液异常是其中的主要因素，而引起精液异常的主要因素便是男子附属性腺的感染，而这些附属性腺的感染与衣原体、支原体感染有着密切关系。
一、对于衣原体感染引起不育的机制主要有以下方面：
1、对精子发生与成熟的干扰作用。有的学者已应用电子镜技术在不育的男性精液、睾丸及附睾中均发现了沙眼衣原体，精子形态明显异常，曲细精管管腔被不成熟的生精细胞所阻塞，基膜破坏或缺失，大量胶原纤维增生，附睾纤毛缺失和附睾管腔中充满膜性残余物，因此认为沙眼衣原体对睾丸和附睾有破坏作用，从而引起不育。
2、对精子的直接作用。衣原体不仅吸附于精子表面，而且可进入精子内部造成精子膜和顶体的破坏。
3、沙眼衣原体感染是明显的前列腺炎的常见原因之一，并对生育造成影响。
4、衣原体感染与免疫不育。在不育患者中，衣原体阳性率明显高于对照组。可能是白细胞增多，吞噬精子，产生趋化性，因而大大增加了白细胞与精子抗体的接触机会，使精子产生抗精子抗体。
二、支原体寄生于人体泌尿生殖道，一般认为可通过以下途径：
1、对精子正常生理功能影响。支原体感染引起的睾丸炎和慢性前列腺炎将会影响精子正常功能。
2、吸附性。大量的支原体吸附于精子的头部、中段、尾部，使精子形态臃肿，前进运动困难，影响精子活力及穿透卵子的能力，降低了精子对卵子的识别能力。
3、胺的毒性作用。支原体的一个特征是生长时需要并能利用尿素，尿素的分解产物胺及其随之产生碱性环境认为具有致病性，因而有人认为支原体吸附于精子表面使局部产生高浓度的胺，有可能造成不育。