遗传
遗传是先天性心脏病发生最常见的原因，这是因为疾病的性质较为相近，因此兄弟姐妹或者母体任何一方出现心脏病，那么都极有可能遗传给胎儿，其危险性高达10%。
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孕期药物影响
孕妇在怀孕初期患有糖尿病，但未经过治疗，或者在妊娠早期接触到某种致畸药物，则都可能造成胎儿患上先天性心脏病。
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孕期病毒感染
孕早期是胎儿各器官形成和发育的关键时期，若是此时准妈妈受到流感、庖疹、风疹、麻疹等病毒感染，则会影响到胎儿发育，很有可能导致心脏发育畸形。所以，孕期有病毒感染的准妈妈应在孕中期时做胎儿心脏彩超检查，看胎儿是否有先天性心脏病。
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孕期有不良嗜好
孕期准妈妈有吸烟的习惯或丈夫经常吸烟，这些都可能造成胎儿畸形或小儿先心病发生。有研究表明，婴儿先心病发病率，吸烟母亲所生婴儿是不吸烟母亲的二倍。
另外，夫妻“酒后同房受孕”，会使胎儿染色体发生异常，生下患酒精中毒症的婴儿，大多数伴有心脏血管异常。