甲公司（系房地产开发公司）开发一个房地产项目，该项目主要是住宅楼的开发

参考答案:

解析： （1）根据土地增值税相关规定，房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费在土地增值税清算时不得扣除 。（2）根据土地增值税相关规定，土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除 。（3）税务机关可以要求甲公司进行土地增值税清算 。根据土地增值税相关规定，符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：①已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；②取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；③纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；④省税务机关规定的其他情况 。（4）根据土地增值税相关规定，房地产开发企业扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除 。