孙思邈年幼时体弱多病，深受病痛之苦，他立志学医识药，于是到深山去，向一位有名的药师学习。
出师的时候，师父嘱咐他说：“要做个好大夫，可绝不能贪图安逸。你须要读万卷书行万里路，云游四方，广采众长，学习医药之道。等到脚下的鞋子七斤重时，你才可以定居行医。”
孙思邈听从师傅的教诲，背上药囊云游天下，年复一年，不知道翻过多少山，走过多少路，采了多少药，医了多少人。
有一天，他回到故乡耀州，天下起大雨，那会儿孙思邈正走在山路上，路上满是泥泞。孙思邈步履艰难，沾在鞋子上的泥越来越多。他走进路旁的龙王庙避雨，庙里正好有个菜贩子，孙思邈脱下鞋子，对菜贩子说：“麻烦你帮我称一下这双鞋子，看它有多重。”
菜贩子一称，笑着说：“大夫，你这鞋子呀，连泥带水，不多不少，正正好七斤哩。”
“七斤就对了，我就在这里定居下来，从此立地生根吧！”
于是乎，孙思邈在山脚住下来，定居行医。他医术高明，药到病除，很快誉满耀州，人人称他为“药王”。那座山呢，因为有药王居住，也变得灵验了，从那时起被唤作“药王山”。
话说耀州有个霸道的土大夫，听到人人夸赞孙思邈，个个唤他“药王神医”，心里酸溜溜不服气。有一天，他用槐子水涂在面上，去见孙思邈：“孙大夫，我脸黑得厉害，你可知道我患了什么病？”
孙思邈一看他的脸，吓了一跳：“你病得很重……”
那土大夫大笑着打断他：“我哪有什么病，你这浪得虚名的家伙！”
说完，土大夫掉头回去了。
“哎，你别走，你中了槐毒，得马上医治……”
可那土大夫已经走远了，没听见。
过一会儿，只见四个壮汉用门板抬着土大夫来求救：“孙大夫，他中毒了，说只有你能救他。”
孙思邈即刻给他开药，那土大夫喝了草药汤，才算转危为安。
又有个垒墙的师傅，也不相信孙思邈的医术，见孙思邈从路上走来，大笑着从高墙跳下，问他：“药王神医，你看我有病么？”
孙思邈一看他的神色，大惊道：“怎么能从那么高的墙上跳下呢？不笑还好，这一笑，你的肠子就被顿断了！”
话音刚落，那垒墙师傅倒地翻滚，果然肠子顿断了。
又有一日，孙思邈在路上遇到有人出殡，那棺材底部滴出血来，孙思邈就问抬棺材的人：“馆内的人是难产死的么？”抬棺的人回答：“是啊！”
孙思邈断定那个妇人还活着，就让人放下棺材，打开馆木一看，果然婴儿已经离开母体了，产妇却昏迷不醒。
孙思邈撬开产妇的牙齿，灌她喝了一碗药，不久就听到她微弱的呼吸声，不一会儿，那个产妇哭泣起来，刚出生的婴儿也大声哭了。
母子俩死里逃生，众人无不叹服。“药王孙思邈”的美名，从此名扬耀州。
话说有一回，药王孙思邈上山采药，一个壮汉迎面走来，拦在他面前，问他：“你这位采药的先生，也为路人诊病么？”
药王见那壮汉身材壮硕，满面病容，就对他说：“我是大夫，医者不问贵贱高低，当然为路人诊病。请在路边石上坐下，让我给你把一把脉。”
那壮汉在石上坐下，伸出手来请药王把脉，药王一摸脉门，这脉好奇怪啊，脉起时就好像虎啸山林，脉落时又像是虎落平阳。
药王对那壮汉说：“你让我诊治，就要说实在话，你不是人类，对吗？”
“我不是人类，是什么呢？”
“你是人类的话，这个病我治不好——你不是人类的话，就要现出原身，这病我才能治。”
壮汉一听，额头冒出大粒大粒的汗珠：“药王神医，我现出原身，只怕要吓着你哪！”
药王说：“医者对病患一视同仁，我不害怕。”
“那好，只是这路上人多，你跟我深山树林去。”
药王跟随壮汉走进深山树林，来到一棵老松树下，那壮汉就地一滚，平地立即生起一阵腥风，地上的落叶“呼啦啦”飞起来，迷住了药王的眼。药王撕开树叶，睁开眼一看，眼前哪有什么壮汉，分明是一只猛虎！
那猛虎张开血盆大口，望着药王。药王见老虎喉咙红肿，虎口也发炎肿胀。孙思邈怕老虎吃不得疼要咬人，就在林中找来一根樟木棍，牢牢撑住虎口，然后他伸手进老虎咽喉深处一摸——果然，老虎喉咙里插着一根金钗，吐不出，咽不下。药王一碰金钗，那老虎疼得眼泪水直流。
“你忍着，我给你取出金钗。”
药王把金钗取出来，又取下撑虎口的木棍，又对老虎说：“你跟我来，我摘些消炎的草给你吃，很快就能消肿止痛。不过，你是山中凶兽，这次我治好你的病，希望你不要再吃人了。”
那老虎说：“遵从药王教诲，我发誓，以后再不吃人了。”
“不吃人就好，你走吧！”
“我不要走。”老虎说，“我要跟在你身边，在你需要时帮助你，在你危难时保护你。”
“好吧，你先待在山林，我以后有事叫你，你来就是。”
于是老虎吃过草药，拜谢离去。
这老虎重情重义，后来果然时常来到药王身边，药王上山采药，老虎为他衔药锄，药王出门诊病，老虎给他当坐骑。
话说又有一回，药王孙思邈下海采药，走到海边，迎面走来一位白衣公子。公子衣饰华美，但是有气无力，无精打采。白衣公子拦住药王，问他说：“你这位采药的先生，也为路人诊病么？”
“我是医者，当然为路人诊病。”药王说，“请在这海边礁石坐下，让我把一把脉。”
那白衣公子在礁石坐下，伸出手来让药王把脉。药王一摸脉门，这脉好奇怪啊！脉起时好像腾云驾雾，脉落时又像翻江倒海，药王大吃一惊：“你要让我诊治，就要说实话，你不是人类，对不对？”
“我不是人类，是什么呢？”白衣公子冷汗直冒。
“你如果是人类，这个病我看不好；你如果不是人类，必须现出原身，我才能为你诊治。”
“现出原身，我怕吓着你啊。”白衣公子轻声叹息，空气中响起风雷的声音，晴朗的天空下起毛毛雨，药王于是猜到他是一条龙。
“医者对病患一视同仁，你只管现原身，我不害怕。”药王说，“不过，这一带的人都没见过龙，我担心你惊扰百姓。这样吧，你先到我家去。”
“好的，我等会儿就来。”白衣公子化作一阵白烟，不见了。
药王回到家，刚刚走进院子，突然听得“通”一声响，山壁上出现一个大洞，洞中伸出来一个巨大的龙头。
龙说：“我看后山没人，就从那边穿山过来了。现在，我的龙身龙尾都藏在山肚子里，这下不会惊扰到百姓了吧？”
药王赶紧给龙诊症，把了龙脉，看了龙舌，又闻了龙吟。龙说：“我这半年总觉得神气痿顿不振，虽然还能变化，但总是使不上劲，肚子里头又隐隐作痛，不知是什么缘故？”
药王用大水桶装了半桶药，提到龙面前，对它说：“你喝了它，就知道缘故了。”
龙闻到那桶药一股酸臭，摇头说：“这药气味不好，真要喝吗？”
“喝吧，良药苦口利于病。”
龙咬一咬牙，一口气把那半桶汤药喝下肚，只听得腹内“咕嘟嘟”一阵翻腾，喉头忍耐不住，“哇”一声吐了，吐出来满满一桶的污秽物。
一吐完，龙顿时精神爽利，肚也不痛了，劲也有了。它低头一看，只见那秽物中有一条长蛇。
龙抓起长蛇，一下把它拉成两段：“原来是这长蛇作祟，使我不得安宁。药王神医果真名不虚传，不知你用的是什么灵丹妙药？”
孙思邈“哈哈”大笑：“我这灵丹妙药，只不过是陈醋拌蒜泥。陈醋加蒜泥，又酸又辣，一进肠道，那蛇自然待不住了。”
龙听了这话，拜谢道：“药王神医你妙手回春，除我病痛，解我灾劫，我没什么报答你，龙宫珍藏一部《龙宫奇方》，我自己也看不懂，送给你吧！”
药王得到龙赠送的《龙宫奇方》，专心钻研，医术变得更为精湛。他又收集各种民间验方，写成一部著名的《千金方》，一直流传到今天，为无数病患解除病苦。
这条龙也重情重义，常常跟随药王，为他寻药引路。当他远行出诊，龙就飞来为他当坐骑。
药王孙思邈医龙治虎，一龙一虎就成了他的跟班。他唤“龙”，龙就来了；他唤“虎”，虎也来了，有了龙虎护持，药王威风凛凛，各路神仙鬼神尊崇他，地下阎罗王头痛脚疼也得求他，所以他活呀活，一直健康地活到140多岁。
孙思邈离世后，成了药王菩萨。
人们在那穿龙洞前建了一座药王庙，让药王菩萨坐在里面，庙面前有个龙石墩，又有个虎石墩。