索额图在康熙朝被康熙定为“我朝第一罪人”，但实际上这个“我朝第一罪人”在康熙朝的功绩却一点也不小。索额图平生最大的功绩有四个，一是帮助康熙生擒鳌拜；二是为平定三番出力；三是签订《尼布楚条约》；四是从政准格尔。
顺治十八年，顺治帝福临去世，选定三皇子玄烨为皇位继承人。玄烨继位之后，改元康熙。康熙当时年仅八岁，离他能真正亲政还有很长的一段时间。顺治帝为了维护国家的稳定，遂选出四位辅政大臣，即：索尼、遏必隆、苏克萨哈、鳌拜。主君年幼，难免大权旁落，在各种原因下，鳌拜独揽大权，成为在朝堂上说一不二的大权臣。鳌拜骄横跋扈，手中又大权在握，便难免开始轻视皇权，许多时候都不将康熙放在眼里。为了除去鳌拜，康熙和孝庄进行了一番策划。
在康熙和孝庄的计谋中，索尼一家是最关键的一点。索尼是四位辅政大臣之首，在鳌拜专权的情况下，只有他能与鳌拜争夺一二。因此孝庄太后亲自指定索尼的孙女，索额图的侄女为康熙皇后，即后来的孝诚仁皇后。此后索尼一家，因为孝诚仁皇后的原因与皇家绑在一起，自然全力牵制鳌拜。康熙六年六月，首辅索尼病故，14岁的康熙帝正式亲政，在太和殿受贺，大赦天下。但亲政仅十天后，鳌拜即擅杀同为辅政大臣的苏克萨哈，数天后与遏必隆一起进位一等公，实际政局并不受康熙帝直接掌控。熙八年五月，康熙帝“以弈棋故，召索相国额图入谋画”，采取突袭的方式，逮捕鳌拜，惩其党羽，康熙帝始得真正主持朝政。
康熙十二年三月，以平南王尚可喜请求归老辽东，但请求留其子之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。最后康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，决定下令“撤藩”。在此次撤蕃之中，索额图认为撤蕃会动摇国家安定，因此主张斩杀建议撤藩的臣子，此事遭到康熙帝斥责。
虽然遭到斥责，索额图仍然尽自己的臣子之职，不仅为康熙皇帝巨匠人才，并且还积极的出谋划策。云贵总督周有德请求在进兵时应该专任一人，索额图上奏：“若一路进兵，从之犹可？分道并进，如何可行？”他主张：“今大兵已经遣发，若又令其前进，多用官兵，必致劳困矣！”《啸亭杂录》记：“索（额图）相当权时，多谋略，三逆叛时，公料理军书，调度将帅，皆中肯要。”
明末清初，沙俄趁中国战乱，多次侵袭边界，并且占领了一部分土地。三藩之乱后，康熙组织军队，集中反击沙俄，打响两次雅克萨反击战，大获全胜。战败的沙俄派出使臣，请求议和，停止战争。索额图担任清与沙皇俄国谈判东北边界问题的首席代表，签定了第一个中俄条约《尼布楚条约》。在此次条约的签订中，索额图据理力争，并且言辞坚决，反驳了沙俄反诬中国发动战争之语，在康熙划定的底线上与沙俄签订平等条约，为祖国的统一做出重要贡献。
《尼布楚条约》签订后，康熙集中对付准噶尔叛乱，并且御驾亲征。索额图随行在列，多次为战斗的胜利做出贡献。诸如截断噶尔丹后路，在中路给予敌人痛击，随康熙帝到宁夏，指挥战事。清军追歼噶尔丹，噶尔丹众叛亲离，走投无路等等。
尽管索额图一生建立了这么多功勋，最后还是因为卷入皇子之争中，被康熙判为“我朝第一罪人”。康熙将太子发动叛乱的原因，归结于索额图等人的诱导之下，因此才对这个以往的功臣如此对待。自古以来，皇位之争就是这么残酷，站错了队就要付出代价。想来早在索额图全力支持太子之后，就已经有了这个觉悟吧！