刘元珍，是无锡人氏，字伯先，号本孺，为东林八君子之一。隆庆五年。刘元珍在无锡城中时朗中巷附近出身。他的父亲虽然历任山阳教谕、绩溪校官等职，但实际上没赚什么钱，所以家境十分贫寒。
七岁的时候，刘元珍的母亲去世，家中的日子就更为艰难了。虽然家庭条件不怎么样，但是刘元珍早慧，自幼就勤奋读书，希望日后能得到一个号的未来。
万历二十三年，刘元珍高中进士，初始授南京吏部主事的职位，不久升任南京兵部郎中。父亲去世之后，回家守孝。
万历二十八年，重新回到朝廷，补南京兵部职方司郎中的位置。到任之后积极训练军队，淘汰老弱之兵，审核军需，不仅加强了军事力量，而且还节省库银两万两。
万历三十三年，朝中大权把持在沈一贯的手中。沈一贯为人奸诈，许多奸邪小人围绕在周围，获取私利。当时朝中进行官员考核，去除的一批官员正好是沈一贯一方的。沈一贯为了保证自己的势力，于是就去皇帝那儿求情，最后蛊惑皇帝留下了钱梦皋等人。
当时朝中许多大臣都不敢得罪沈一贯，刘元珍是第一个上奏，揭露此事的人。然而奏疏呈上之后，皇帝却并不相信，将此事交由公卿大臣议论。沈一贯竭力洗清自己，钱梦皋等人则倒打一耙，诋毁刘元珍。最后刘元珍被贬十年，外放偏远地区任职。
沈一贯假装出一副为刘元珍求情的模样，实际上是从中添油加火，引得神宗再次大怒。先是将刘元珍与给刘元珍求情的贺灿然和庞时雍等外放三十年，后又直接将他们除名削籍。虽然与此同时，钱梦皋等人也被免职，但是沈一贯仍然掌握内阁，未曾受到一丝损害。
刘元珍被削籍之后，回到家乡无锡，与顾宪成、高攀龙等人在东林书院讲学。他们在这儿批评时弊，抨击时政，评比朝中官员，给东林书院就学的书生带来极大的影响力。后来出自东林书院的书生，因为受他们的影响，逐渐在朝中汇聚，形成了新的党派——东林党。
泰昌元年，明光宗继位，刘元珍得以起复，为光禄寺少卿。刚刚来到京城走马上任，就接到山海关告急，明军被努尔哈赤军击败，辽、沈相继沦陷的消息。
努尔哈赤的势力，这个时候已经逐渐的强大起来，对明朝形成了强大的威胁。而朝政混乱，军中将士人心涣散的明朝，则步步走向末路。
刘元珍上任之后，对于努尔哈赤的进犯，十分关心，时时刻刻的关注动向。当时前任赞画刘国缙以招募军队安抚百姓的名义，投书督饷侍郎，要求发登州、莱州（今山东蓬莱、掖县）船只，将这些难民南渡山东。
朝中几乎已经同意了此事，只有刘元珍觉得事有蹊跷。认为刘国缙本就有反心，早年时因为贿赂高官，才得以免除罪责。申请军饷，招募军队，钱他是领走了，但是军队却连影子都没有。于是刘元珍认为，刘国缙很可能已经背叛大明了。他将自己的想法和依据列入奏折呈上，但是却并未得到重视。边疆形势告急，刘元珍因此一病不起，不久去世，享年51岁。
刘元珍去世之后，以魏忠贤为首的阉党，掌握朝政，大兴冤狱，许多东林党人被逮捕下狱，丢了性命。刘元珍虽然已经去世，却也没有被放过，被夺取功名。一直等到崇祯帝继位，铲除魏忠贤等阉党，刘元珍的冤情才得以平反。