朱慈焕是明思宗崇祯皇帝的第五个儿子，生于崇祯六年，也就是公元1633年，生母是贵妃田氏。崇祯皇帝一生一共有七个儿子，次子和七子早夭，成功活到成年的有长子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤、五子朱慈焕。朱慈焕明明是第五个儿子，却被人称为朱三太子，是因为朱慈焕与四子朱慈炤同岁，因而人们习惯把他称作“朱三太子”。
朱慈焕长大成人之后，被崇祯皇帝封为永王。若是没有意外，他大概会平安富庶的度过自己的一生，可惜的是命运总是爱作弄人，崇祯十七年，李自成攻破北京，崇祯在眉山自缢，大明帝国崩溃。作为一个亡国皇朝的后代，朱慈焕不可避免的过上了颠沛流离的生活。
北京城破的时候，朱慈焕只有十二岁，在一片混乱中，他仓皇的跟随自己的两个哥哥奔逃，后来在大顺军中与两个哥哥失散之后，与一位姓毛的将领逃到了河南，种了一年地。随后因为清朝清缴流贼，实际上就是绞杀明朝旧人，毛姓将军独自逃走，十三岁的朱慈焕于是只能自己一个人四处流浪。
朱慈焕后来来到了奉养，被一位姓王的前明老给事中收养，改姓“王”名士元，就这样一直在王家待到了他十九岁。朱慈焕十九岁这一年，王家突遭变故，朱慈焕再次开始了自己的流浪生活。
朱慈焕离开王家后，还做了一段时间的和尚，后来在浙江结识了一位姓胡的明官员后裔。两人一番交谈下来，胡某钦佩他的才学，劝他还俗，并将女儿嫁给她。于是朱慈焕娶了胡某的女儿，开始以王士元的名字在余姚教书为生。
康熙四十四年的时候，朝廷再一次严厉打击明朝余孽，宁波、镇海都“一步一步挨查”，闻得事发，妻女六人，均上吊自尽，三子一孙，被捕收，朱慈焕躲避流亡。到了四十七年的时候，官府将在康熙四十五年起事的浙江和尚张念一逮捕。此后从张念一的口中得知了朱慈焕的下落，同年拘捕了朱慈焕。
康熙四十七年朱慈焕被捉拿的时候，已经是七十五岁的高龄了。并且还有了一妻一妾，生了六个儿子三个女儿，并且有了一个孙子，组成了一个三世同堂的大家庭。他渴望平静的生活，所以一直隐瞒自己的真实身份，可惜的是最终还是被朝廷捉拿。
朱慈焕被捉住后，朝廷审问他并问道：“朝廷待汝不薄，何为谋反呢？”朱慈焕答道：“数十年来，改易姓名，只是为了避祸。清廷有三大恩于前朝，吾感戴不忘，何尝谋反？”官府又问：“什么三大恩？”朱慈焕回答：“今上诛流贼，与我家报仇，一也。凡我先朝子孙，从不杀害，二也。 朱家祖宗坟墓，今上躬行祭奠，三也。”接着又说道：“吾今年七十五岁，血气已衰，鬓发皆白，乃不作反于三藩叛乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招买军马，打造军器，吾曾有一此乎？”
朱慈焕也许的确没有谋反的心思，他一生都在躲避官府的追捕，并且期间还改名换姓，过上了平凡人的生活，组成了自己的家庭。若是他真有谋反之心，早在那些明朝残余势力冒头的时候，就与他们联系，暗中活动了。正如他说的那样，要是真有谋反的心思，如何不再吴三桂兴起三藩之乱的时候跳出来，反而到了年老气衰的时候出来冒头呢？
尽管朱慈焕本人并没有反清复明的心思，但是架不住众人借用其名号行事。当时大部分人都借着朱三太子的名号起势，以便让自己的活动看起来名正言顺，上呈天理下遂民意。因此对清朝廷来说，不管朱慈焕有没有反清复明的心思，都对清朝的统治造成了极大的阻碍，因此是必须除去的。康熙就说：“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心。”后来朱慈焕便被凌迟处死，享年七十六岁，子孙后代均被杀害。